今回の内容 私は、学部生の頃はスポーツ科学を学んでおり、大学院から専攻を基礎生物学に変えました。パソコン苦手の文系の私が、pythonを学び、就職活動を終えるまでをまとめてみました。 今回の内容 大学院に入るまでの私の能力 始まりの日 待ち受ける困難…

シングルセル解析を行う際、scanpyを使った解析をよく見ます。その中で、CSVファイルを取り込む方法が、情報として少なかったため、まとめて見ました。 通常の解析に関しては、【Python】Scanpyを使った single cell RNA解析 - ばいばいバイオに詳しく書かれ…

cutadapt結構便利なんですが、ホームページの説明がとても長いので、簡略化し、まとめてみました。 cutadaptとは？ シンプルな設定 詳細な設定 4.参考 cutadapt結構便利なんですが、ホームページの説明がとても長いので、簡略化し、まとめてみました。 cutad…

pandasでは、if文のように、カラムの値に応じて任意の領域を選択、取り出す事ができます。 import pandas as pd #使うパッケージをimportする from sklearn.datasets import load_iris iris = load_iris() df = pd.DataFrame(iris.data, columns=iris.featur…

pythonのパッケージの一つである、statsmodelsを使うことで、多重比較検定補正を行う事ができます。 なぜ、多重比較検定補正が必要？ 例えば、有意水準を5%とし、３回の検定を行った場合、どれか一つが有意になる確率は1-全てが有意ではない確率=1-(0.95)3＝…

pythonのパッケージをimportする from sklearn.datasets import load_iris import pandas as pd データを表示する iris = load_iris() #テストデータとしてirisをロード df = pd.DataFrame(iris.data, columns=iris.feature_names)#データフレームを作成 col…

解析には、biopythonというツールを使っていきます https://biopython.org/ より引用 文字列の型はSeqの型に変換するデータフレームやリストにappendする場合は、str型に直して処理を行う パッケージをimportする from Bio.Seq import Seq 相補鎖 seq="AGTAG…

pythonで箱ひげ図を描く場合、matplotlibもしくは、seabornのどちらかで描くことが多いと思います。微妙に書き方が違う部分があるのでまとめていこうと思います。 Contents matplotlibで描く箱ひげ図seabornで描く箱ひげ図 matplotlibで描く箱ひげ図 まずmat…

pythonで折れ線グラフを描く場合、matplotlibもしくは、seabornのどちらかで描くことが多いと思います。微妙に書き方が違う部分があるのでまとめていこうと思います。 Contents matplotlibで描く棒グラフ seabornで描く棒グラフ matplotlibで描く折れ線グラ…

pythonで棒グラフを描く場合、matplotlibもしくは、seabornのどちらかで描くことが多いと思います。微妙に書き方が違う部分があるのでまとめていこうと思います。 Contents matplotlibで描く棒グラフ seabornで描く棒グラフ matplotlibで描く折れ線グラフ im…