pythonを使った相補鎖、逆相補鎖配列の生成

解析には、biopythonというツールを使っていきます

https://biopython.org/　より引用

1. 文字列の型はSeqの型に変換する
2. データフレームやリストにappendする場合は、str型に直して処理を行う

パッケージをimportする

from Bio.Seq import Seq

相補鎖

seq="AGTAGTAGTAGT"

seq=Seq(seq) #配列をseqの型にする
seq=seq.complement()#相補鎖に変換
print(seq)

-> TCATCATCATCA

逆鎖 (biopythonで見当たらなかったので、普通のコマンドで)

seq="AGTAGTAGTAGT" 

seq=seq[::-1]#逆鎖にする
print(seq)

-> TGATGATGATGA

逆総補鎖

seq="AGTAGTAGTAGT"

seq=Seq(seq)#配列をseqの型にする
seq=seq.reverse_complement()#逆相補鎖に変換
print(seq)

-> ACTACTACTACT