BigWig→Wig→Bedに変換する (File 形式変換)

Bam形式からBigWig形式に変換する方法は多く見ましたが、BigWig形式をbed形式に変換する情報が少なかったのでまとめて見ました。

WIGフォーマットはGC含量やprobability scoresやトランスクリプトームデータなどのような密で連続的なデータを表示させるときに用いられます。
http://genomejack.net/ より引用

BigWig はWigをバイナリーファイルに変換したものです。

Bam fileからBigWig file形式に変換することができ、IGVなどでリードのマッピング情報をヴィジュアル化することができます。

方法に関しては、以下のサイトを参考にしました。
macでインフォマティクス

だるまさん

いつも、BAM or SAM fileぐらいしか使ったことがないから、結構手間取ったよ

いろいろ、探しましたが、BigWigをBedに直接変換する方法は見つかりませんでした。。。

そこで、BigWig→Wigに変換し、WIg→Bedに変換します。

BigWig→WigにはbigWigToWigを使います。

bigWigToWigはENCODEのSoftwarefile format/ conversion、bigWigToWigよりダウンロードすることができます。

まず、bigWigToWigに権限を与えます(Macの場合)。

chmod +x bigWigToWig.file

その後、Wig形式に変換します

bigWigToWig file.bigwig file.wig

次に、wig fileをbed fileに変換します。

変換には、wig2bedを使います。wig2bedはBEDOPSに含まれており、home brew を使うことでインストールできます。

home brew を使ったことがない方は、以下のサイトを見てください
homebrewとは何者か。仕組みについて調べてみた

brew install BEDOPS

 wig2bed < file.wig > file.bed

あまり需要はないと思いますが、予想していたより手間取った解析なので、まとめて見ました。
これらの情報が少しでも誰かの解析に役立てれば幸いです。

pythonってすごいね