Hisat2を用いたマッピング (RNAseq)
indexの作成
hisat2-build [解析対象とするゲノムfastaファイル] [保存先を指定] e.g. hisat2-build Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.fa TAIR10
基本設定
シングルエンド（SE） hisat2 [options] -x [作成したindexファイル] -U [解析対象とするfastaファイル] -S [出力先を指定] ペアエンド（PE） hisat2 [options] -x [作成したindexファイル] -1 [リード１] -2 [リード２] -S [出力先を指定]
詳細な設定
option（共通） 説明 -p スレッド数の変更 デフォルト１ -s スキップするリード数を指定 -u 指定した数をinputとして使用 -5 5' 末端から指定した数を削る -3 3' 末端から指定した数を削る --no-softclip ソフトクリップを解析から除外 --score-min 最小のアライメントスコアを指定する --min-intronlen イントロンの最小長を指定 --max-intronlen イントロンの最長を指定 --known-splicesite-infile 既知のスプライシングサイトを考慮する --novel-splicesite-outfile スプライシングサイトを出力する --no-unal マッピングされなかったリードを出力しない --un-gz アンマップリードを出力する --summary-file サマリーを出す --new-summary 新形式のサマリーを出す
PE 説明 -I ペアエンドでマップされた際の最小長を指定 デフォルト0 -X ペアエンドでマップされた際の最大長を指定 デフォルト５００ --no-mixed ペアでマップされなかった場合、各々でアライメント箇所の探索を行わない --no-discordant リード１とリード２が適切な順序、領域でない場合（遺伝子をまたぐなど）、アライメントを行わない
