目次 マッピング後の処理（SAM、BAM）SAMファイルをBAMファイルに変換BAMファイルをBEDファイルに変換BAMファイルをソート、インデックスを付加参考 マッピング後の処理（SAM、BAM） samファイルはシーケンスリードがゲノムのどの位置にあるかを記述するファ…

indexの作成 hisat2-build [解析対象とするゲノムfastaファイル] [保存先を指定] e.g. hisat2-build Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.fa TAIR10 基本設定 シングルエンド（SE） hisat2 [options] -x [作成したindexファイル] -U [解析対象とするfastaファイ…