Trimomaticを用いたアダプター配列の除去 (RNAseq)
基本文
シングルエンド (SE)
java -jar <trimmomatic.jarのパス> SE -threads <スレッド数> -phred33 or -phred64 -trimlog <logの保存先> <inputのパス> <outputのパス> <option>
現在は、だいたい-phred33だと思われる
e.g. / java -jar trimmomatic-0.39.jar SE -threads 4 -phred33 -trimlog log.txt input.fa output.fa /
ペアエンド (PE)
java -jar <trimmomatic.jarのパス> PE -threads <スレッド数> -phred33 or -phred64 -trimlog <logの保存先> <input 1のパス> <input 2のパス> <ペアのリード output 1のパス> <非ペアのリード output 1のパス> <ペアのリード output 2のパス> <非ペアの output 2のパス> <option>
e.g. / java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -threads 4 -phred33 -trimlog log.txt input_1.fa input_2.fa paired_output_1.fa unpaired_output_1.fa paired_output_2.fa unpaired_output_2.fa <option> /
詳細な設定
アダプター配列の除去
ILLUMINACLIP:<fast形式のファイル.fa>:<seed mismatch>:<palindrome clip threshold>:<simple clip threshold>
e.g. ILLUMINACLIP:adapter_sequence.fa:2:30:10
ファスタ形式のファイルの例
>adapter_sequence
AAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGG
Forward、Reverseかを指定したい場合、
/1を末尾につけることで、forwardのアダプター配列から取り除かれる
/2を末尾につけることで、reverceのアダプター配列から取り除かれる
>forward/1
CCCCCCCCAAAAATT
>forward/2
TTTTTTTGGGGGAAAA
>reverse/1
AAAGAATTGGGAAAA
>reverse/2
AGGGAATTGGGAAAA
ペアエンドで配列を指定する際は、Prefixを共通にする。（/1、/2以外の名前を同一にしておく）
seed mismatch
ミスマッチをいくつまで許容するか？
palindrome clip threshold
何塩基（？）ペアエンドのリード間でアダプター配列が一致しているか
simple clip threshold
何塩基アダプター配列が一致しているか？
リードのクオリティに応じたフィルタリング
SLIDINGWINDOW:<検索ウィンドウのサイズ>:<クオリティ>
指定したウィンドウサイズで検索を行い、指定したクオリティ以下の領域が存在した場合、それ以降を解析から除外する。
e.g. SLIDINGWINDOW:4:15
LEADING:<リードのクオリティ>
5'末端から開始し、指定したクオリティを下回った場合、対象塩基を除去、次の塩基のクオリティを算出指定く。
TRAILING:<リードのクオリティ>
３'末端から開始し、指定したクオリティを下回った場合、対象塩基を除去、次の塩基のクオリティを算出指定く。
e.g. LEADING:3 TRAILING:3
塩基長の指定
CROP:<塩基長>
リードの頭から、指定した塩基長を取得する。
HEADCROP:<塩基長>
リードの頭から指定の塩基を切り落とす
MINLEN:<塩基長>
e.g. CROP:50 HEADCROP:10 MINLEN:36
