バイオ系の解析でよく使うpythonのパッケージ集（個人的感想）

pythonを始めたばかりの人に役立てればと思い、バイオ系の解析でよく使うパッケージをまとめました。

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生物系の解析だとデータフレーム形式（エクセル表など）を取り扱う事が多いと思います。pandasはそのようなデータ形式に特化していて、データの入力、出力、相関行列、データの集計など、さまざまな解析ができます。

詳しい解析方法に関しては、以下のサイトに記載されています。

Numpyは数値計算に適しており、Pandasなどと組み合わせ、対数変換、ピアソン相関係数などの処理に用います。

詳しい解析方法に関しては、以下のサイトに記載されています。

Scipyに関しても数値計算、統計検定に用います。特に、KSテストやT検定、カイ二乗検定など、生物系の解析でよく使う処理を行う事ができます。

このパッケージの中には、多重比較検定に使用するFalse Discovery Rate（FDR）が含まれています。他のパッケージに比べると使用頻度は低いかもしれませんが、FDRを行えるパッケージはあまりないので、このパッケージを使っています。

主に図を描写する際に使用します。どちらを使うかは、個人の好みです。matplotlibの方がトラブルを解決する際の情報が多いです。seabornの方は、デフォルト設定でも比較的、綺麗な図を描けますが、問題が生じた際の情報が少ない印象を受けます。

今回は、pythonのパッケージの中でも特によく使う物を紹介しました。この他にも、とても便利なパッケージがpythonにはたくさんあるので、いろいろ試して下さい！

pythonってすごいね